San Francisco, Petén, fue uno de los últimos territorios conquistados y colonizados por los españoles, por lo que no se tiene noticia de la existencia del municipio durante la época colonial.
Anteriormente era conocido con el nombre de Chachaclun que fue reconocido como municipio en 1828, cuando el gobierno de las Provincias Unidas de Centroamérica lo señaló como parte del circuito de Santa Ana, del partido de Petén para la elección de diputados a la Asamblea Constituyente.
A petición de los habitantes del municipio, por medio del acuerdo de fecha 7 de octubre de 1927, la casa de gobierno autorizó el cambio de nombre de Chachaclun por el de San Francisco, en honor al Santo Patrono San Francisco de Asís.
Cuenta la tradición oral que la señora Josefa López donó la imagen a la iglesia por petición de los vecinos.
El Municipio de San Francisco celebra cada 4 de octubre a su patrono San Francisco de Asís, los festejos inician con la elección y coronación de las reinas de belleza.
Límites
Este municipio colinda al norte con el municipio de San Benito y Flores; al este con el municipio de Santa Ana y Dolores; al oeste con la Libertad y al sur con Sayaxché.
Extensión
Cuenta con una extensión territorial de 302.20 kilómetros cuadrados, que representa aproximadamente el 0.84% del departamento.
División Política
Según el XI Censo de Población y VI de Habitación de 2002, del Instituto Nacional de Estadísticas —INE—, la división política del municipio es una cabecera municipal, dividida en 8 barrios, 2 aldeas y 11 caseríos.
Población
Con base en los datos del XI Censo de Población y VI de Habitación de 2002 del INE, la población del municipio era de 11,025 habitantes.
Clima
El clima es cálido, con una temperatura media anual entre 27.2 grados centígrados y 33.6 grados.
En época de calor, la temperatura llega hasta los 39 grados, mientras que, en época fría baja a 28 grados aproximadamente.