Los habitantes de San José descienden del grupo maya que emigró de Chichén Itzá al escapar de las guerras intertribales durante los siglos XII y XV.
El grupo étnico de los itzáes son descendientes del rey Canek, último cacique itzá que dirigió la resistencia ante la conquista española. La palabra itzá en el idioma maya-itzá tiene el significado de mago, hechicero, brujo del agua.
El 13 de mayo de 1697 San José fue fundado con 200 personas en el lugar conocido como Ixtutz —que significa lugar poblado por árboles de Corozo o Corozal— por el gobernador de Yucatán, Martín Urzúa y Arismendi.
El flujo comercial hacia Yucatán se efectuaba a través de un camino construido en 1813, pero este se cerró y solo quedan veredas.
Se declaró como municipio en 1851, con el nombre que tiene actualmente, bajo la mirada de los frailes católicos que vinieron después de la conquista.
En 1962 durante el gobierno de Idígoras Fuentes, se creó el municipio de Melchor de Mencos y San José perdió las áreas de Tikal, Uaxactún, El Remate, la Laguna, entre otras.
Esto ocasionó dificultades entre los habitantes de Flores y San José, motivados por la raíz histórica de este conflicto, debido a que la composición ladina de los moradores de Flores era de origen español o mexicano y con una posición económica y urbana privilegiada, imponía sus condiciones sobre la gente itzá, indígena, pobre y rural.
En el municipio de San José cada 19 de marzo celebran su fiesta patronal en honor a San José Patriarca, es esta fecha en la que se realizan diversidad de actividades como religiosas, sociales y populares.
Límites
El municipio colinda al norte con Campeche, estado de México, al este con la ciudad de Flores, al oeste con San Andrés, Petén, y al sur con el Lago Petén Itzá y Flores.
Extensión
El municipio de San José tiene una extensión territorial aproximada de 2,252 km².
División Política
En el 2002 según el XI censo del Instituto Nacional de Estadística —INE— San José se dividió en un pueblo o cabecera municipal, una aldea denominada Jobompiche, dos caseríos, Corozal y San Pedro.
Población
De acuerdo a los datos del XI Censo de Población y VI de Habitación del INE, en el 2002, indica que el municipio tenía 3,584 habitantes.
Clima
Clima característico para las zonas tropicales, su temperatura promedio es de 27 grados centígrados.
Turismo
El municipio de San José está asentado sobre los márgenes del lago Petén Itzá y posee las playas más bellas y limpias del lago, en la actualidad más de quince, esto permite que sea un lugar adecuado para el turismo, por ser parte de la Biósfera Maya.
Tiene diversos sitios arqueológicos como Bejucal, El Palmar, Cerro Cahuí, Jobompiche I, El Quetzal, Tierra Blanca, El Astillero, Ux Petén, San Pedro, Chachalum.
El más importante es el Mirador, que es un sitio arqueológico monumental de la ingeniería y arquitectura maya, situado a 105 kilómetros al noroeste de Tikal.
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