Los primeros habitantes de San Benito son descendientes mayas de la etnia Itzáes, quienes se asentaron a orillas de la isla donde se encuentra la ciudad de Flores.
Todas las áreas poblacionales del lago y recursos naturales del territorio fueron ofrecidos sin condiciones para repoblar lugares deshabitados, fue así como llegaron procedentes de la ciudad de Guatemala, México (Chiapas, Tabasco, Campeche y Yucatán).
El lago y alrededores recibieron el nombre de Cantón de la Isla de los Remedios del Itzá, era representado por un Regidor del Concejo Municipal de la Isla, toda la actividad social, comercial y religiosa se desarrollaba con una integración urbana que cambia con la llegada de gente de color.
Los esclavos fugitivos de Belice se asentaron en la periferia del casco urbano de San José, Petén, asentamiento conocido como San José de los Negros y por diferencias con los caciques del lugar, el jerarca de la Iglesia Católica tuvo que intervenir y se trasladó el grupo al lugar conocido como Cantón de la Isla, en donde se hacía más fácil catequizarlos.
Se les obsequió el busto de San Benito de Palermo que actualmente se venera en el Templo de La Ermita, que comenzó a llamarse Cantón de San Benito de Palermo en 1799.
En 1805 el cantón ascendió a la categoría de Municipio, pero sus precarios recursos no le permitieron su autonomía, sino hasta el 26 de enero de 1873 los municipios circunvecinos de: Flores, San Francisco, La Libertad y San Andrés, ya habían delimitado su jurisdicción y dejan a San Benito con un terreno ejidal.
Las primeras casas fueron construidas de bajareque o colokché, con techo de palma de guano con piso de mezcla (tierra con cal). Más adelante se utilizaron materiales como: adobes, cal y zacate. En la actualidad se utilizan hierro, cemento, arena de río para las columnas, terrazas, puertas o portones de hierro y pisos de porcelana.
En 1979 el lago Petén Itzá sufrió una crecida que afectó a la población circunvecina al lago, al no tener un lugar para residir y temor a desbordamientos posteriores, los damnificados fueron trasladados a la actual colonia Itzá.
Límites
San Benito limita al Norte con el municipio de San Andrés, al Sur con San Francisco, al Este con Flores y al Oeste con La Libertad.
Extensión
Al año 2005 la extensión territorial es de 208 km², según el proceso de levantamiento catastral iniciado desde el año 2000, por la Unidad Técnico Jurídica de Catastro Nacional de Guatemala y la Comisión Institucional para el Desarrollo y Fortalecimiento de la Propiedad de la Tierra.
División Política
Con base en datos del X y XI Censo Nacional de Población, V y VI de Habitación de 1994 y 2002 del Instituto Nacional de Estadística -INE-, indicó que en 1994 el municipio contaba con 12 centros poblados y en 2002 con 7, lo que demuestra que se han reducido el número de centros poblados.
Población
Según los datos del XI Censo Nacional de Población y al VI de Habitación de 2002 del INE, la población total del municipio era 29,926.
Clima
El Municipio se ubica a una altitud de 130 metros sobre el nivel del mar, manifiesta un clima cálido, con invierno benigno, húmedo y sin estación seca definida.
La época seca se marca de enero a junio y de lluvia de julio a diciembre, de finales de julio hasta mediados de agosto se presenta el fenómeno de la canícula (temporada seca durante el período de lluvias que dura varias semanas).
Actividad agrícola
La actividad agrícola ocupa el tercer lugar con una participación del 2% en la economía del municipio.
Se presenta en cultivos temporales con un 98%, los productos de mayor relevancia son el maíz y frijol, la producción se concentra en el área rural del municipio, Aldeas La Cobanerita, San Antonio y Caserío Belén.
