La fundación del municipio de San Luis, Petén se realizó el 25 de agosto de 1708, por la Corona Española, cuando llego el maestro de campo don Juan Antonio Ruiz y Bustamante a quien se le nombró gobernador de Petén. A su paso por la comunidad Mopán dió por fundado el municipio de San Luis, pero no fue hasta el año de 1832 cuando se nombró legalmente a San Luis como municipio de Petén.
La cabecera municipal es San Luis, fundado en el año de 1708, por el Gobernador de Petén Itzá, Maestro de campo, don Juan Antonio Ruiz y Bustamante, año en que también fueron creados los pueblos Santa Ana, Poptún, Santo Toribio, Dolores y Santa Bárbara; antes de esto, los frailes dominicos que entraron por la Veraptaz en 1675, habían juntado y catequizado algunos indios de los muchos que andaban por los montes de las naciones choles, manches, etc., y con ellos fundaron San Lucas, Santiago, El Rosario, San Jacinto, Matzin, San Pedro y San Pablo Ilixil, La Asunción, San José May, San Miguel, San Francisco Sacomo y San Fernando; en todos estos pueblos habían 2,306 personas bajo su control; pero todo fue inútil; tan pronto como los monjes Fray José Delgado y Fray Francisco Gallegos se retiraron a la Verapaz por llamado del Obispo, se perdió todo lo hecho, porque los conversos abandonaron sus pueblos, incendiaron sus casas e iglesias, y se volvieron a los montes a practicar su antigua idolatría.
En este año 2017 San Luis, Petén estará cumpliendo 309 años de fundación y 187 años desde que se nombró legalmente como municipio.
